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Qiagen AllprepFFPE DNA/RNA Kit(50)試劑盒 分子生物試劑

  • 更新時間：  2023-07-27
  • 產品型號：  80234
  • 簡單描述
  • Qiagen AllprepFFPE DNA/RNA Kit(50)試劑盒
    從福爾馬林固定、石蠟包埋的組織切片中同時純化基因組DNA和總RNA（包括小RNAs）

    使用小樣本量即可獲得大量純化產物
    在純化同時，保持DNA和RNA的完整性
    高效分離RNA和DNA
    對同一FFPE樣本進行全面的DNA和RNA分析
詳細介紹

Qiagen AllprepFFPE DNA/RNA Kit(50)試劑盒



如要對基因組學和轉錄組學數據進行可靠比較，則需從同一樣本中純化DNA和RNA。AllPrep DNA/RNA FFPE Kit使用的溶解方法，從福爾馬林固定、石蠟包埋的組織樣本中純化DNA和RNA。純化產物適用于real-time PCR和焦磷酸測序等應用。

從FFPE樣本中純化DNA和RNA。

[A] 從多個大鼠FFPE組織樣本中純化基因組DNA并儲存于室溫。使用AllPrep DNA/RNA FFPE Kit或QIAamp DNA FFPE Tissue Kit（專用于從FFPE樣本中純化DNA的試劑盒，作為對照）進行純化，兩種試劑盒都含有RNase消化試劑。采用吸光度測定方法檢測每個20 μm組織切片的DNA產量。[B] 從多個大鼠FFPE組織樣本中純化RNA并儲存于室溫。使用AllPrep DNA/RNA FFPE Kit或RNeasy FFPE Tissue Kit（專用于從FFPE樣本中純化DNA的試劑盒，作為對照）進行純化。采用吸光度測定方法檢測每個10 μm組織切片的RNA產量。從FFPE組織中純化DNA或RNA時，AllPrep Kit的表現與專用的純化試劑盒表現相當。

對預擴增的cDNA進行芯片分析。

使用AllPrep DNA/RNA FFPE Kit從人類乳腺FFPE組織中純化總RNA。然后使用RT2 FFPE PreAMP技術進行逆轉錄。使用Human Cell Cycle RT2 Profiler PCR Array，通過real-time PCR進行基因表達分析，將腫瘤樣本與非腫瘤樣本進行對比。ΔΔCT分析顯示：腫瘤樣本中的基因表達與非腫瘤樣本的基因表達存在x倍的差異。

對FFPE樣本中的DNA和RNA進行可靠擴增。

使用AllPrep DNA/RNA FFPE Kit或專用于從FFPE樣本中純化DNA或RNA的試劑盒（QIAamp DNA FFPE Tissue Kit 或RNeasy FFPE Kit，作為對照）從大鼠FFPE組織中純化獲得[A] DNA 和[B]、[C] RNA。在ABI PRISM 7900HT Sequence Detection System上，使用[A] QuantiTect SYBR® Green PCR Kit對78 bp的Prnp基因擴增子進行Real-time PCR分析，或是用[B]、[C] QuantiTect SYBR® Green RT-PCR Kit對Jun原癌基因表達進行real-time RT-PCR分析。AllPrep Kit和另外兩個專用試劑盒的CT值相當，表明三種試劑盒純化DNA或RNA的效率相當。[C] 此外，在沒有逆轉錄酶（–RT）的條件下分析了Jun基因的表達。脾臟是富含DNA的組織，其擴增曲線平坦，說明純化的RNA中不含基因組DNA。

AllPrep DNARNA FFPE樣本純化步驟。


Qiagen AllprepFFPE DNA/RNA Kit(50)試劑盒


性能
使用AllPrep DNA/RNA FFPE Kit純化的DNA和RNA的質量與使用QIAamp FFPE Tissue Kit和RNeasy FFPE Kit/miRNeasy FFPE Kit純化的產物的質量相當。因此，純化產物可用于焦磷酸測序、real-time PCR和RT-PCR等下游應用。
原理

AllPrep DNA/RNA FFPE Kit專為從FFPE樣本中同時純化基因組DNA和總RNA而設計。該試劑盒可使用同一樣本純化DNA和RNA，而非像其他純化方法那樣，需將樣本分為兩份再分別進行純化操作。如將樣本分為兩份分別純化DNA和RNA，其純化出的DNA和RNA來自不同的細胞群落，可能具有不同性質特征。從同一樣本中同時純化DNA和RNA可減少浪費，因為FFPE樣本是十分珍貴的樣本，通常很難恢復且樣本量少。

由于固定和包埋，FFPE樣本中的核酸通常都嚴重片段化，核酸的分子量通常小于從新鮮或冷凍樣本中分離出的核酸的分子量。從同一FFPE樣本中分離DNA和RNA面臨著很大困難：片段化的DNA長度短，且部分是單鏈結構；因此其更像RNA，而非完整的DNA。片段化DNA這一特性使得用物理方法分離DNA和RNA十分困難。AllPrep DNA/RNA FFPE Kit使用的溶解方法，從同一個FFPE樣本中分別釋放DNA和RNA。

盡管標準的質量控制分析（如凝膠電泳或芯片分析方法）無法檢測到甲醛的化學修飾，但其對酶分析有嚴重干擾。AllPrep DNA/RNA FFPE Kit已經過優化，可zui大程度上逆轉甲醛化學修飾，而不引起DNA和RNA的進一步降解。

操作流程
簡單的流程可從同一個樣本中純化高品質DNA和RNA。AllPrep DNA/RNA FFPE Kit使用的溶解方法，從同一個FFPE樣本中分別釋放DNA和RNA。使用這種方法時，FFPE樣本要在優化的裂解緩沖液中孵育，使得RNA釋放出來，而DNA形成沉淀。離心后，將含有RNA的上清和含有DNA的沉淀分別處理，純化RNA和DNA。再次進行孵育有一定的解交聯作用，然后使用RNeasy MinElute或QIAamp MinElute離心柱純化RNA和DNA。用柱上DNA酶處理純化的RNA，以有效去除DNA污染。根據RNA與離心柱的結合情況，純化的RNA中可能含有也可能不含miRNA等小RNAs。對于純化后的DNA，可選擇性進行柱上RNA酶消化，因為在離心前的DNA和RNA分離步驟中RNA污染水平已達到zui低。
應用

盡管AllPrep DNA/RNA FFPE Kit已經過優化，可zui大程度上逆轉福爾馬林化學修飾，而不引起DNA和RNA的進一步降解；但從FFPE樣本中純化獲得的核酸不應該用于需要大分子量DNA或完整長度RNA的下游應用。一些應用可能需要進行化學修飾后，再使用片段化核酸（如：設計PCR和RT-PCR的小擴增子）。在cDNA合成中，應使用基因特異性引物，而非oligo-dT引物。如果無法使用基因特異性引物，則可使用任意引物。

特點
參數
ApplicationsPCR, qPCR, real-time RT-PCR, microarray
Elution volumeRNA: 14-30µl ; DNA: 30-100µl
FormatSpin column
Main sample typeFFPE tissue samples
Number of preps per run50
ProcessingManual (centrifugation)
Purification of total RNA, miRNA, poly A+ mRNA, DNA or proteinRNA (miRNA) and DNA
Sample amountmax. 4*10 µm sections or 2*20 µm sections
TechnologySilica technology
Time per run or per prep6h for 10 samples, including sectioning
YieldVaries




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